听到瓦剌六王子的议和条件后，文武百官一片哗然，正德也苦于没有对策。宁王单独面见正德，他的狐狸尾巴终于露出来了。他逼迫正德退位，扬言正德不答应就血洗京城。正在不懂和正德冥思苦想之时，一件惊天动地的秘密被揭露出来。原来孝宗一直寻访的女子就是不懂的母亲，当年母子俩幸免于难，姚氏带着不懂四处躲藏。也就是说，不懂是孝宗的骨肉，且按照明朝惯例，不懂年长，他才应是真命天子。
宁王得知此事也十分震惊，随即派人追杀不懂，不懂虽逃过大劫，但其母却死在宁王手上。母亲死后，不懂陷入人生的最低潮，他无法面对正德，他和正德是好朋友，但他又是正德的哥哥，可皇位又应属于他自己。他不知道事情会如何发展，他不敢想象。他只记起孝宗和母亲在临死前都劝他远走他乡，不懂遂决定离开皇宫。
机灵小不懂第29集剧情介绍这时正德也正面临难关。他也不知应如何处理与不懂的关系。但他明白无论如何也不能把父亲传下的帝位拱手让与宁王，他需要和不懂联手打垮宁王。最终，不懂在正德的苦苦恳求和籽言的劝解下，终于留下来了。
不懂查出杀害瓦剌太子的不是别人，正是六王子。原来宁王和六王子串通好抢夺各自国家的王位。阴谋败露后，宁王恼羞成怒杀死了六王子，统领百万大军起兵攻打京城。本来宁王稳操胜券，谁知紧要关头，不懂的学生、迦业寺的和尚、百姓们看清了宁王的野心，都赶来帮忙保护天子。宁王最终败在了他一直利用的百姓手上。被打入天牢，不久服毒自杀。
局势平定下来了，但真正的暗涌才刚开始。
机灵小不懂第30集剧情介绍(大结局)此时，正德和不懂不得不面对二人的关系皇位的归属问题。不懂没有名利心，大家都很清楚，但，不懂的存在始终是个危机。且藩王势力仍然割据着，纷争一起，好事之徒必将乘机闹事，刚稳定下来的局面又将失控，天下又将大乱。
面临选择，正德很痛苦。不懂不仅是他的哥哥，也是他最好的朋友，更是令他重获自信的老师。但是面对江山社稷，他不得不选择将不懂赐死。
不懂明知是鸿门宴，却不得不前往。他不知这是命运还是天意，他也理不清头绪，但他知道未来的一切他只能选择去面对。
终于，不懂踏进皇宫，与正德迎面而坐，两人举杯，往事如梦幻般浮现眼前，不懂下了人生中的最大赌注，仰首把面前的酒喝下。
最后，不懂与籽言在一起，回到了书院，多年以后，众学生回到观自在书院，重游故地，此时观自在书院早已变成了女院，不懂把私塾改成女院，完成了籽言的心愿。
