俩婆子摁住浸在水里的傻三，水面恢复了平静。俩人刚一松手，傻三忽地从水中跃起老高，俩婆子撒腿要跑，被傻三揪住了脖领，狱卒们听到喊声提刀赶来。二爷，大魁和冯青云也冲了进来。 一幢大宅院里，蒙面杀手跟着救他的人来到秘室。秘室前戒备森严。屋内传出声音，请大江先生进来。原来蒙面杀手正是大江。大江索性揭开蒙脸布，心一横走进秘室。
大魁、二爷急急询问傻三，傻三气惊魂未定，倒裁在浴盆里的婆子都已气绝身亡。冯青云验明这二人确是大牢中的女监，衙役在她们身上发现各有银锭五两。众衙役七手八脚将已经死亡的婆子抬出，硕二爷看了一眼傻三，沉思起来。
秘室内原是万历，大江感激他的搭救之恩，万历哈哈大笑，叫来酒菜，和大江畅饮。酒过几巡，大江站起来要走。万历看着大江的身影在夜色中消失，不语。万历表情渐渐凝重，誓要放条长线，把所有的鱼都钓上来。
牛怀根的母亲葛氏得知儿子落入二爷手中，急忙差人到处张罗。
刘川禀告杀傻三和牛怀根失手的事儿。本已大怒的平王得知杀害傻三的女监已死，顿时心宽许多，琢磨着牛怀根是葛坤的亲外甥必然也很滑头，二爷他们要拿下牛怀根也没那么容易。
葛坤府院内正操办老太太的冥寿，抢夺私盐失手的尚不去和夏不来扑通跪在地上向葛坤求饶，几个人涌上，尚不去夏不来哀号着被拖下。
葛坤府院丝弦声声，劲歌艳舞。突然，门外大嚷，原来是牛怀根的娘葛氏。葛坤不禁吃惊，得知是二爷将怀根送进了大牢，不由脸皮抽搐，害怕连自己的脑壳子都保不住。葛氏一听，晕了过去。
牛怀根和白宝珍父女跪在公堂上。公堂外站着许多人旁听，当中夹着牛怀根的跟班与平王府的探作。牛怀根在堂上立马承认调戏民女之罪，并暗指白如玉是二爷的女人。大魁气急，二爷却依旧不温不火，脸上挂笑。冯青云判决牛怀根赔偿白氏父女三十两银子。牛怀根以为事儿完了便大咧咧想往外走，不料冯青云却叫他依旧跪下。公堂外的探作闻声一震，见状撒腿就跑……
刘川急报平王牛怀根还没走出大兴县衙，平王似是早已有预料，他嘱咐刘川尽早把牛怀根、傻三做了。
公堂上，牛怀根装傻充愣，冯青云正要好好审问，平王、刘川等人进来，拉着二爷到茶楼说话。二爷在茶楼追问牛怀根的事儿，平王则逼他马上回宫。二爷拖拉着不肯离开，平王也只得陪他耗在大兴。
牢房内，大江和龟井迷晕了玩牌的狱卒，寻找傻三的牢房。一囚犯将尿罐砸于二人，牢内骚动，傻三扑到栅栏前看动静，被大江一眼认出。俩人冲进牢内，傻三想趁机逃跑，大江二人便与傻三对打起来。众囚犯见了哇哇叫好，监房乱成一堆。危险之际，巴迪亚从天而降，与大江，龟井打成一团。他们的打斗惊动了巡街的官兵，一队官兵吆喝着奔了过来。龟井拉着大江冲出重围。巴迪亚也拉起傻三，隐进了小巷。
巴迪亚请傻三跟随自己速速回琉球，傻三却执意要面见大明皇上。巴迪亚拉过傻三，飞快跑开。而就在他们身后的房顶上，山虎和山豹俯视着远去的傻三和巴迪亚。
大江禀告平王杀傻三失手，担心她会把两人间的交易告诉万历，平王在大江面前，一显老奸巨滑的本色。
大兴小巷内，傻三谎称肚子疼从巴迪亚身边逃脱，随即溜进硕王府。傻三听得二爷、大魁的对话，寻思着。大魁感到屋外有人，开门一看却是空空。
牢房的狱头猛不丁醒来，见到傻三的监房牢门大开，不禁吓得瘫倒在地。不料，一抬头，却见傻三出现在牢门前。众狱卒欢天喜地地给傻三买来烧饼，傻三像英雄般走过走廊。
平王要大江将广林、傻三赶尽杀绝，这时刘川来报，傻三自己已回了大牢。大江等人始料不及。
二爷得知傻三又回到大狱，颇感意外。冯青云觉得傻三的案子必有蹊跷，二爷与冯青云合计明日在公堂上撬开牛怀根的老嘴。
第二日，二爷力邀平王一同去衙门会审牛怀根，平王托推而去。面对此情此情，唯有大魁还不明平王于此案的干系。
大魁跟着衙役走进傻三的牢房，傻三见自己出狱有望，不禁抱住大魁脸上亲了一口。大魁摸着被亲的地方，笑了。
牛怀根在狱中收到平王遣人送来的字条，兴奋不已。
冯青云高坐堂上，硕二爷一边看座。牛怀根一眼看见硕二爷，脸上现出惊慌，急忙跪下。 衙役带来傻三，大魁关照她定要认住牛怀根，别说傻话。
二爷与冯青云审问牛怀根私盐的事儿，牛怀根死活认定和私盐没有任何关系。
平王右眼皮急跳不停，担心牛怀根会出乱子，刘川让平王宽心，原来他们还留了龚大人这一手。见龚大人及时赶到，二人放下心来，去春花堂寻欢。
牛怀根在堂上打开了滚，一把鼻涕一把泪地喊冤，傻三上了堂，牛怀根一看是个女的，暗喜，待发觉此女子便是当日的傻三时，便又使出抵赖的本事。傻三空口无凭，显见奈何不了牛怀根的当口，突然想起牛怀根手心中有颗梅花痣。二爷嘿嘿笑着走近牛怀根，牛怀根下意识地攥紧手心，却被硕二爷一把拉出。冯青云下堂亲自察看，果见牛怀根手心中的梅花黑痣。牛怀根见势不妙又百般抵赖起来，冯青云见状下令重打。冯青云瞧见二爷的痒痒挠没了头，替二爷担心。而此时盐政御使龚大人赶到县衙，欲带走人犯和赃物。冯青云吃惊着不肯答应，但龚省身却一口一个奉平王爷之命，言辞凿凿。冯青云纳闷这小小一车私盐为何惹来了如此大的动静。牛怀根趴在地上，忍不住冷笑，对冯青云一阵奚落。硕二爷两眼逼视牛怀根，直看得牛怀根发毛。二爷又将目光转向私盐。牛怀根眼里更是露出紧张的神色。二爷于是抽出金痒痒挠来，刷地划破一袋私盐……。牛怀根不由自主一声惊叫。随着盐巴哗哗流出，牛怀根身上抖成了一团，几块灿灿金砖随之落在地上。
众人不禁大惊……
皇上二大爷第12集剧情介绍多块金砖从盐包里流出，公堂上的人都惊呆了。大魁弯腰拿起一块给二爷观看，金砖竟刻着“户部库金”几个大字。冯青云和龚省身一听，更是怔住。冯青云喝令牛怀根从实招来。牛怀根承认了贩卖私盐，但对库金仍是拼命抵赖。龚省身得知私盐中加带库金，巴不得不沾此事，于是将案子留给冯青云，急急告退。
广林对椿美公主的举动不能理解，便命令巴迪亚想尽办法保护公主，而他们之间不为人知的行动也再看看眉目。
驼背狱卒侯二赶到春花堂，告诉伺候在平王身边的刘川，牛怀根闹出了大事。
牛怀根坐在地上死活不肯认罪，并诬陷是傻三栽赃嫁祸。傻三一副对金子不稀罕的的神情，让冯青云对她又起了疑心，况且案情又涉及大明国库黄金，冯青云决定将傻三继续收押。大魁愤怒，二爷却明白此种轻重，只得与傻三泪别衙门大堂。
平王决定先发制人将私盐中夹带库金的事儿奏明圣上。
二爷料定冯青云会因为傻三的事儿找上门来，孰料大魁一开门见到的却是青衣小帽衣着简扑的平王，而走得稍慢的冯青云见平王抢在他前面多少有些吃惊，远远地看着动静。二爷有意回避平王，平王却情愿陪二爷一同去给驴梳毛。冯青云远远地看着，思索一阵，转身走了。大魁正好看见冯青云的背影，叫着追去，冯青云却不闻不问地加快了步伐。
马厩内，平王以保护官员为名，劝二爷等拿住了库金窃贼，再报告圣上。二爷却执意不肯放着傻三的性命不闻不问。平王转身离去，大魁急火火地闯了进来。
葛坤府客厅内，牛怀根的娘葛氏不肯吃饭，寻死觅活。刘川奉平王旨意来到葛坤家中，葛坤一筹莫展。
二爷决定将这私盐案中的一伙连根拔起，顺带解救傻三。大魁告之冯青云离开的事儿，二爷料定他以为自己和平王有所勾结，决定亲自去他那儿拜会。
刘川告诉葛坤，私盐中的库金全让二爷给抖搂了出来，葛坤一听无计可施。刘川命葛坤将平王的奏折承于圣上，葛坤害怕自己官位不保，求刘川出主意。刘川提醒他只要傻三一死，线索便断了，谁也不能追查下去。于是，葛坤狠下决心。
二爷到县衙后院帮冯青云剥蒜，顺便告诉他平王想将罪责推于傻三一人身上。冯青云对傻三这案子百思不得其解。二爷觉得傻三显然知道牛怀根与固安冷如冰那方面的情况，于是请冯青云将傻三交给自己，协助破获此案。冯青云不肯答应。
硕二爷去大牢看望傻三，提醒她不要暴露身份。临走则关照牢头没有县衙出具的文书，谁也不准靠近她，带走她。
而此时，走投无路的尚不去和夏不来正在赶往杀傻三的路上。
二爷感到眼皮直跳，担心傻三安危，便让大魁去趟王麻子家买傻三爱吃的烧饼，自己则再与冯青云商量商量。
烧饼铺乱嘈嘈的。大魁答应帮烧饼铺老板王麻子收烧饼的赊帐，买了五个芝麻盐烧饼急急走了。
二爷不惜使出痒痒挠再求冯青云具保傻三，冯青云却以痒痒挠无头代表不了圣命为由，予以拒绝。正在当口，大魁将挠头交予二爷。冯青云信以为真，只得答应了二爷的请求。二爷嘴上责怪大魁逼自己说了假话，心里却宽慰很多，于是让大魁趁热将烧饼送给狱中的傻三。
狱卒守卫森严，尚不去和夏不来只得另想办法混入狱中。冯青云写完具保的条子，让班头带二爷去牢里提傻三。
公差打份的尚不去、夏不来掏出东厂腰牌来提傻三，已为死囚的牛怀根错以为尚不去和夏不来是来救自己的，拼命喊叫，牢头听了不禁生疑。夏不来和尚不去一眼发现了旁边牢门的傻三，眼带凶光。牢头看在眼里，开锁的手停下，要求尚不去和夏不来拿县衙的文书来提人。尚不去和夏不来提刀就朝牢头砍去，牢头被砍伤了臂膀，边跑边喊。这时大魁恰好走进了牢门，听到叫喊，提起食盒就往牢内冲。尚不去和夏不来将铁链砍断，傻三与他们打成一团。这时，大魁冲进牢房，与尚不去和夏不来打了起来。见此时一群牢卒也拥来，尚不去、夏不来便跳出牢房，大魁和众狱卒紧追过去。
众人追出牢监大门，驼背侯二却提刀钻进了一个小胡同，见四周无人，撒腿猛跑。尚不去，夏不来落荒而跑。大魁和狱卒追出胡同时，已经不见了他们的踪影。
大魁奔进牢，傻三正吃着大魁送来的烧饼。大魁劝她趁乱开溜，傻三觉得这样便正中了人家的圈套。二爷和班头跑来，将傻三接走。
驼背侯二与刘川说着什么。刘川急忙跑进宅门内，眨眼的功夫，平王的轿子从宅门匆匆而出，轿内的平王一脸焦灼。
二爷，大魁和傻三出了牢门，恰好碰上冯青云。二爷让傻三给冯青云磕头，傻三不从。平王赶来，要将傻三继续收监。二爷抽出痒痒挠，满脸肃杀，拉着傻三便往前走。平王和刘川在紧紧跟随。二爷决意甩开平王后即去固安。不料，王麻子要二爷主持公道，给他摆平众人的赊账。平王对王麻子怒气冲冲，二爷却答应了王麻子的请求。大魁拉着傻三进府，二爷跟着王麻子往街上走去，平王则让刘川派东厂人手乘机将傻三神不知鬼不觉地拿住，自己则随着二爷一同去收账。
傻三再次装扮成男儿，大魁将家中驴儿托付给赵白眼，二人趁屋外没人，悄悄出了后门。王麻子带二爷、平王到茶铺崔掌柜处，终于收到半年的烧饼钱。
在前往固安的岔路口，大魁和傻三焦急地等着二爷。账终于收完，二爷趁上厕所之机溜走，而刘川那边也发现傻三没了踪影。平王一声冷笑，定要将傻三拿住。
户部金库门前，一队东厂的探作举牌提刀匆匆跑进，将大门紧紧封住。平王带着葛坤等官吏威风凛凛地亲自验金。刘川发现几十只箱子装满了石头。平王要库吏头目交出库金留他全尸，瘫软于地的库吏头目猛地从东厂护卫身上抽出腰刀，一下旋在自己脖子上。一腔鲜血从脖腔汹涌窜出……
