在调查组驻的宾馆里，林荫与何大来激烈舌战，有理有据，逐一驳斥何大来对他的指控，澄清了事实，赢得调查组组长、地委纪检委毛主任的理解。
在公安局里，方政委、秦志剑等人牵挂着林荫，商量对策。方政委表示如果林荫被整走，自己也不干了。
苗雨直闯调查组，坦陈自己的看法，大出何大来的预料……
郑光军以为林荫这次肯定垮台，便召集手下在华光集团总部开会，指示手下抓住这一大好时间，加大力度，完成收入指标，还要催收世纪工程捐款。大秃子不服他的指令，认为难以完成，争执起来。郑光军起了杀心。
调查组返回白山，组长毛主任认为根据调查的事实，林荫的言行没有重大错误，有些所谓的问题都是捕风捉影，必须对林荫做出正确的评价。何大来理屈词穷，无可奈何……
大秃子不服郑光军，打算摆脱郑的控制，独立单干。郑光军却抢先一步，暗中召回郑华军，将大秃子杀死在荒郊野外。郑光军组织中的这一变动，很快被秦志剑、黄建强等人发觉，但又缺乏证据，林荫只能要求刑警大队加强监视，继续挖掘线索
摊派给个体司机的世纪工程捐款，迟迟收不上来，万书记十分恼火。郑光军约来交通局长蒋实全，密谋联手强制收款，从中牟取利益……
林荫突然接到电话，靳树林报告： 个体出租车司机驾车驶向市委和市政府大楼，将市委大楼团团围住。
根据初步调查，事件的起因是郑光军的手下在路上设卡收捐款，老杨父子交不出，又被打得头破血流。司机们终于忍不住，聚在一起商量对策，决定到市委反映情况。
林荫在局里部署好各项应急措施，为了不激化矛盾，他只派出便衣警力暗中控制现场，保护市委和市政府，然后他和方政委赶去市政府开紧急会议。
市政府会议室里，万书记召集会议，大发雷霆， 蒋实全将责任推到公安局，说抓几个人就行了。林荫和苏检察长驳斥了他的说法。林荫坚持认为司机们闹事是事出有因，不同意采取强硬措施，建议以对话的方式解决问题。他的意见引起万书记和于海荣的不满，但洪市长表示支持。会议最终采纳了林荫的意见，他也成为对话组的一员，负责与司机代表对话。
雷雨行动第19集剧情介绍谈判中，于海荣的狂妄自大激起司机代表的怒火，双方动起手来，林荫则以良好的政策素养和人格魅力平息了事端，使对话进入正常气氛，双方立场逐渐接近，又通过交通局工会主席王立民劝说司机代表，双方终于达成协议，司机们迅速离去，一切恢复平静。
万书记却对处理结果大为不满，批评公安局太软弱，并要林荫重用牛明，因为牛明很有经验。
地委调查组的结论令郑光军一帮人不知所措。躲藏在外地的郑华军，打电话催促郑光军尽快改变局面。郑光军将他训斥一通，然后分别找何大来和万书记商议对策。万书记一时也无可奈何，只是劝他耐心等待时机。何大来更是与他吵翻了。郑光军前思后想，自己驾车去了省城……
林荫和方政委也看到了地委的结论，感到些许安慰，但林荫明白对手是不会善罢甘休的，自己只有一条路——和他们斗到底，方政委表示要和他一起走这条路。
几天后，万书记召见林荫和方政委，通知他们省人大赵主任要光临清水搞调研，公安局必须确保领导安全，要严密控制那些下岗工人和生活困难的人，绝不能让他们靠近赵主任，林荫听了十分反感。
赵主任来了，清水市领导们还有郑光军热情迎接。郑光军喊赵主任为“赵叔”，两人的关系显得特别的亲昵。
市委召开大会，赵主任在讲话中大谈个体企业的重要性，还不点名地批评公安局是立场狭隘，打击迫害私营企业，他就是要为郑光军的光华集团撑腰。
方政委告诉林荫赵主任原先与郑光军的父亲一起在清水共事，私交很深，他是郑光军搬来的救兵。林荫突然有一种无力的感觉……
夜里，王立民闯入宾馆，他嚷着要见赵主任，反映问题，被民警拦住。王立民请林荫向赵主任转交一封信，他要说的话，都写在信里了。王立民走后，林荫将信交给了赵主任。
赵主任突然决定提前离开清水，市领导们赶来相送。赵主任脸色严峻，郑光军疑惑不解。
万书记把林荫叫到办公室，气急败坏地说王立民在那封信里把清水说得一团漆黑，把赵主任气坏了。万书记指责林荫为王立民转信是没有党性原则，威胁林荫：“咱们今后就走着瞧……”
让林荫没有想到的是，赵主任打来电话，肯定林荫做得对，那封信让他知道了很多郑光军的问题……
郑光军、牛明和万书记自然不甘失败，又在密谋整倒林荫……
秦志剑和黄建强终于查实了薛怀礼和李大兴在广州确有产业，他们又与林荫仔细分析本市
黑势力的活动现状。一致认为郑光军是黑恶势力的总头目，必须首先打掉他，突破口还是在抓获郑华军和贺刚。这两人长时间逃跑，没有露面，应该有一个较为安全的落脚点，而薛怀礼在广州有产业，他们可能在那儿藏身。秦志剑带领黄建强和高翔秘密登上南下的列车。
秦志剑、高翔、黄建强在广州侦察，他们死死盯住薛怀礼在广州开的饭店，但一连数天没有发现薛、李的踪影，高翔有些急躁……
