考核结束，对牛明的测评满意票，还不到半数，而且市委领导层看法也不一致。但林荫和方政委却乐观不起来，因为洪市长提醒他们如果上面有后台，考核也不起作用，要他们做好思想准备……
一天吃午饭时，，牛明借着酒劲还是露出了张狂的面目，当众向秦志剑挑衅。秦志剑气愤难平，告诉林荫必须采取措施，不能让牛明上去。林荫却认为这行不通，秦志剑无奈离去。
于海荣找方政委谈话，要他做好准备到政法委上任。牛明当政委似乎板上钉钉。林荫只得向谷局长反映情况，谷局长说牛明的事只是在考核，一切都还没有确定，要林荫沉住气。
电话亭里，有个人影在拨打电话。林荫接到电话。那人问幸福乡兴旺村的事管不管。林荫问什么事，对方说村里有地主恶霸，把村里的卖地的几百万元都贪污了，还诬陷别人。林荫说当然管，问有没有证据。那人冷笑一声，林荫要再问，对方说还会与他联系，就挂了电话。
林荫问罗厚平兴旺村是否有这么一个案子，罗说有，当初自己就是办案人之一。案情是村里的会计徐子民贪污，还放火烧毁了账本，打伤一人，在审查时逃跑了，被列入网上追逃的对象，有一年多了。
打电话的人正是徐子民，他回到家中，与妻子久别重逢，悲喜交集。妻子问他怎么敢回来，那薛怀礼和李大兴可一直在追查他的下落。他说清水来了个敢为好人说话的公安局长，自己要去自首，把真相说出来。
村治保主任李大兴兴冲冲地告诉村长薛怀礼徐子民回来了。薛怀礼脸上露出笑容，告诉李大兴该怎么办。
第二天，林荫刚走进公安局，便与薛怀礼、李大兴碰了面。那两人兴奋地说在逃的徐子民潜回家中，昨晚被抓住，送到公安局来了。林荫听了，立刻让秦志剑去审徐子民。
徐子民坚持要见到林荫才说。林荫赶到看守所，亲审徐子民。徐对林荫大叫冤枉，说自己
昨天还给林荫打过电话。林荫没想到他就是昨天打电话的人，便更加。徐子民哭诉自己没有贪污，没有放火，而薛怀礼才是腐败分子，李大兴是他的打手……于是林荫听到了一个真实的，不敢相信的故事……林荫反复盘问一些细节，推断徐子民没有撒谎。听完徐子民的叙述，林荫立刻找来罗厚平询问。罗极力为自己开脱，说他只是奉牛明之命办案，是赵铁军动手打徐子民，这更令林荫相信这是一个颠倒黑白，靠刑讯逼供搞出来的冤案，而冤案的制造者就是牛明。林荫决定认真调查，搞清真相，但他也估计到会有困难和阻力。林荫与方政委商量，方政委已经在做离任的准备。听林荫一说情况，眼里闪过一道亮光，两人商议稳妥的调查办法。
牛明闻讯来找林荫，以原来徐子民案是他带人查的为由，要求继续办这个案。林荫虚与应付，婉言拒绝。牛明恨恨地离去，林荫将调查任务交给了秦志剑，秦志剑立刻派黄建强和高翔去兴旺村。
薛怀礼让李大兴在村里应付公安局的人，自己则坐上一辆轿车离去。
于海荣召见林荫，责问调查兴旺村怎么不给他打招呼，因为兴旺村是先进典型，林荫尽量缓和地回答：先进典型不能成为理由。于海荣无言以对。林荫也由此感到事情的复杂性，决定采取一些预防措施，他给市委洪市长打电打汇报了情况。洪市长表示支持他调查，同时要林荫做好各方面的思想准备。
薛怀礼慌了神，跑到光华集团公司与郑光军和牛明商量对策，商议的结果是让万书记出面干预。
林荫问秦志剑调查的进展。秦告诉他，有村民说薛怀礼和郑光军兄弟关系非同一般……林荫听罢更加坚定地指示黄建强不受干扰，全力调查。
雷雨行动第17集剧情介绍正在北京开会的万书记，果然打电话给洪市长，责问公安局为什么要查这个案。洪市长将此情况告诉林荫，并要他尽快突破。
林荫调兵遣将，加强了在兴旺村的调查力量，村民纷纷开始举报，提供线索和证据。薛怀礼和李大兴的犯罪证据越来越多。林荫决定传唤薛、李，但他们却在郑光军安排下匆忙逃离。这一切都说明薛、李有重大犯罪嫌疑，而徐子民是无辜的。
徐子民一恢复自由就控告薛怀礼、李大兴，还告牛明、赵铁军刑讯逼供。调查开始后，虽然牛明、赵铁军不承认，但造成错案却是事实，所以尽管牛明将责任推到罗厚平和赵铁军身上，让罗受了处分，但他仍负有不可推卸的领导责任。万书记大为恼火，取消了对牛明的提拔。在这次较量中，林荫占了上风，但他也意识到，对方不会善罢甘休。
林荫到地区公安局汇报工作，谷局长提醒他要把困难想得多一点，又劝林荫抓紧把家搬到清水，不然秀云会有意见。谷局长还问了清水公安局的经费问题，甚至苗雨的情况。林荫一一做了说明。谷局长听后，嘱咐林荫大胆工作，无论遇到什么困难，都要坚定信念。林荫有了一种不祥的预感……
果然，刚回到清水，洪市长便找林荫和方政委谈话，告诉他们由地区政法委和纪检委组成的联合调查组将来清水，调查清水公安局的问题，也就是林荫的问题。何大来是调查组副组长。
林、方二人虽感突然，但他们表示一定认真接受调查，不会因此影响工作。
郑光军和牛明对调查组的到来欢欣鼓舞，在皇朝大酒店拉着陶素素举杯相庆。牛明又担心在这关键时刻，薛怀礼、李大兴再出麻烦。郑说不必担心，这两人已去了广州。
调查组的到来令全局干警心情沉重，气氛也变得压抑起来。秦志剑愤愤不平，来找林荫，说这工作没法干了。林荫告诫他不可这样消极，影响工作，并透露昨晚有一女人打来匿名电话，提供了重要线索——薛、李二人在广州，要求秦尽快查实……
郝正很兴奋，在一些办公室串来串去，想拉人们谈这个事，但大家都小心回避着这个问题。
地区调查组分别与局领导班子成员，和科室队负责人乃至一般干警谈话，就是没找林荫谈。方政委和靳树林告诉林荫他们与调查组谈话的主要内容：对市委说过不满的话，到省财政厅要钱，给高翔等编外人员发补助费等等。秦志剑也来了，说调查组也找他谈话了，内容与方政委谈的差不多，但秦志剑说调查组还问林荫作风问题，虽未明说，但听得出来，是指林荫与苗雨的关系不正常。林荫又惊又怒……
报社主编提醒苗雨调查组也会向她调查与林荫的关系，苗雨觉得十分可笑……
秀云接到一个说林荫出问题的匿名电话，她匆匆赶到清水，劝林荫离开清水。林荫觉得自己不应该再沉默了，他拿起电话，找何大来，要与调查组谈……
