曹操上任议郎职位。宫中谣言四起，士人出身的大臣们与宦官互相中伤，一场政治风暴即将拉开序幕。
宫中，皇帝新封了何贵妃为皇后，整天与其玩乐。董皇后带着皇孙刘协去见皇帝，对何皇后的所做所为非常不满。
大臣蔡邕与司徒陈耽与曹操联系紧密，三人谋划让曹操上表奏章为党人窦武陈蕃案鸣冤，以确立他在朝中的声望。曹操明白二人这是让自己去试探皇帝的态度，试验一下是偏袒党人还是宦官，但是他仍讲明自己愿意为此付出牺牲。
深夜，曹操收到爷爷的亲笔信，上面只有三个字“听他的”。前来送信的人是文若先生，他与曹操商议奏章的事情。
何皇后使出全身所有的解数迷住皇帝，皇帝根本无暇看奏章。曹操上书的奏章上，参劾了许多大臣，这些大臣们以蹇硕为首聚在一起，商量共同对付曹操的办法。众人决定给曹操扣上“滥议君政”的罪名，除之而后快。就在众人商议停当的时候，曹腾深夜到访，与对方谈条件。
文若先生对曹操讲解天下之乱的根源，认为是君权旁落造成的，指出当务之急是积攒自己的实力，图谋大事，而不是投靠任何一派。曹操说自己想做千秋大业，根本不考虑 什么门派。
蔡邕邀请曹操来自己的府中议事。曹操得遇蔡琰。蔡姑娘的一曲琴声让他心动不已，欣然提笔为其写了一首词。蔡邕从词中看出曹操是胸怀大志的人，暗生倾慕之心。
皇帝收到曹操的奏章，大怒，拍案而起。他觉得曹操是在指责自己不会用人，蹇硕却指出这背后肯定有人指使，否则曹操上任时间这么短，不可能知晓朝中百官这么多的事情。皇帝心中若有所动，决定改变方法。
电视剧曹操第6集剧情介绍皇帝决定以陈耽作为试金石，试一下百官的立场。没想到有上百人为陈耽求情。皇帝决定惩罚这批人，纷纷将其关入监牢，有的则诛杀全家。
曹操事后得知，这是祖父为挽救自己的生命，提出的与蹇硕交换的条件。曹操很痛苦，指责祖父不应该这么做，祖父提出这样是为了他以后走得更高铺平道路。
蔡邕受牵连全家流放，陈耽被赐予毒酒身亡，满门抄斩。曹操万万没有想到，自己的一纸上书，竟然换来这样一个血流成河的结果。
蔡家被流放到朔方郡，临走之前，蔡琰送来一架焦尾琴，并向他讲述了焦尾琴的来历。据说这琴是蔡父出行的时候，听到一家人烧柴做饭，梧桐木发出金玉之声，赶紧将其买下，制成焦尾琴。二人相谈甚欢，曹操引其为知音。
党人偃旗息鼓，宫中却起了纷争。为了立储之事，何皇后与董太后分成两派，各不相让。
一百多万黄巾军在颖川郡起义。皇帝派何贵妃的哥哥何进带兵去平反。曹操为都骑校尉，随军出征。临出发前，皇帝问曹操是否打过仗，曹操表示自己从来没有打过。但是很快回忆起小时候与皇帝一起“作战”的情景，他重拾信心，决定与敌军决以死战。
临行前，曹操与卞思依依惜别。
曹操投笔从戎，开始了自己的军旅生涯。与此同时，远在家乡的袁绍正在为母服丧。曹操派人联络，希望他能助自己一臂之力。
